De Herengrachtkerk is in de laatste helft van de negentiende eeuw gebouwd, op de plek die bij de stadsuitbreiding van 1659 bij de stad Leiden werd gevoegd. De Herengracht werd gegraven en de grond werd verkaveld en bebouwd met woonhuizen. De tegenwoordige kerk staat op de plaats van drie van deze huizen, waarvan twee aan het begin van de negentiende eeuw al waren vervangen door één pakhuis.
Het orgel is gebouwd door W.N de Jongh uit Lisse in 1985, waarbij de oorspronkelijke orgelkas bewaard is gebleven. De dispositie is als volgt: